学部成立以来，作为国家在科学技术方面的最高咨询机构，始终高度关注国家经济建设、社会发展、国家安全和科技进步的重大问题，开展咨询评议和战略研究，提出了咨询报告和建议近400份，促进了国家重大决策的科学化和民主化进程。

学部完成的有重大影响的咨询有：提出并参与制定全国十二年科技发展远景规划、建议设立自然科学奖并评审首届和第二届国家自然科学奖、倡议建立科学基金制度、“863计划”和中国工程院等。学部还围绕国家重大战略需求，主动开展若干重大专题咨询；完成一批重大委托咨询项目；评议中国科学院各研究所和中国科学院知识创新工程；为地方经济建设和社会发展服务等。